Historie Ústavu technologie potravin je spojena s činností Katedry ekonomiky a hygieny výživy při Vysoké vojenské škole pozemního vojska ve Vyškově. Od roku 2002 probíhala jednání mezi vedením Univerzity Tomáše Bati ve Zlíně a Vysoké vojenské školy pozemního vojska ve Vyškově. V koncepci vojenského školství již nebyl prostor pro studijní obor Ekonomika a hygiena výživy, a proto rektor Univerzity T
omáše Bati ve Zlíně a děkan Fakulty technologické nabídli pedagogickým pracovníkům v oboru potravinářství přechod z Vysoké vojenské školy pozemního vojska ve Vyškově na Fakultu technologickou Univerzity Tomáše Bati ve Zlíně. V roce 2003 tak byl založen Ústav potravinářského inženýrství, na kterém pracovalo 12 akademických pracovníků. V témže roce byl akreditován studijní program Chemie a technologie potravin v bakalářském i navazujícím magisterském studiu. V roce 2004 byla k Ústavu potravinářského inženýrství připojena skupina chemie, čímž vznikl Ústav potravinářského inženýrství a chemie. Významným předělem historie ústavu se stal rok 2005, ve kterém byl akreditován doktorský studijní program v oboru Technologie potravin, počet akademických pracovníků se přiblížil 50 a na různých studijních stupních již studovalo více než 600 studentů. Vývoj ústavu se však nezastavil a v průběhu let 2006–2009 byly z Ústavu potravinářského inženýrství vyčleněny Ústav chemie, Ústav bezpečnosti a řízení technologických rizik, Ústav technologie tuků, tenzidů a kosmetiky a Ústav analýzy a chemie potravin. Součástí reorganizace byla také změna názvu na Ústav technologie potravin.
