Creado en 1975, en el contexto institucional de los años posteriores a la celebración del III Congreso Universitario de 1971 y 1972, cuando la Universidad de Costa Rica experimentó una profunda transformación. Desde entonces le concibió como la unidad de Investigación multidisciplinaria de la Facultad de Ciencias Sociales, recién establecida en 1974
Sus Directores han sido:
Dr. Koen Voorend, Dire
ctor actual. Carmen Caamaño Morúa, (2009-2017)Directora actual. Dr. Carlos Sandoval García (2005-2009)
Dra. Ciska Raventós Vorst (1999-2005)
M.A. Óscar Fonseca Zamora (1995-1999)
Dr. Manuel Solís Avendaño (1991-1995)
Licda Dina Krauskopf (1987-1991)
Dr. Jorge Rovira Mas (1983-1987)
M.A. José Luis Vega Carballo (1979-1983)
Dr. Daniel Camacho Monge (1975-1979)
En sus inicios se estructuró con base en tres centros: El Centro de Estudios Nacionales, El Centro de Estudios Centroamericanos y una instancia de apoyo a ambos: El Centro de Documentación, convertida luego en El Centro Integrado de Documentación sobre Centroamérica en Ciencias Sociales (CIDCACS). Esta instancia dispone de unos 32000 documentos catalogado en su base de datos. Posee de un gran potencial para el uso de investigadores y para los estudiantes de grado y de posgrado que preparan sus tesis en la Facultad de Ciencias Sociales. A mediados de los 80, entró en vigor una concesión precisa de "programa de investigación", que es el núcleo organizativo alrededor del cual se estructura el quehacer del IIS. Cada uno de esos centros aglutina varios proyectos con sus investigadores y asistentes de investigación
El IIS respalda tres publicaciones periódicas especializadas: el Anuario de Estudios Centroamericanos -fundado por el Dr. Constantino Láscares C, para acompañar al Instituto de Estudios Centroamericanos, ambos con fecha previa a 1975 pero que se incorporaron al IIS cuando este se estableció- y el Anuario del Cooperativismo en Costa Rica, gestado en su interior pero de corta vida; y La Revista de Ciencias Sociales, aunque su origen lo precedió, ha quedado cobijada al calor del Instituto. Otras publicaciones a lo largo de su historia de 30 años han sido las siguientes series: Avances de Investigación, con 91 números; Investigaciones, con 11; Contribuciones, con 40; Información Documental, con 9; y Documentos, con otros 9.
