Berbicara tentang sejarah Yayasan UPDM tidak dapat dipisahkan dari pembicaraan tentang sejarah Universitas dan Pak Moestopo, karena diantara ketiganya bersifat saling mengisi dan melengkapi. Pada waktu itu Pak Moestopo masih berpangkat Kolonel, menjabat sebagai Kepala Bagian Bedah Rahang, Rumah Sakit Angkatan Darat (sekarang RSPAD Gatot Subroto). Disela-sela kesibukannya, Pak Moes mengabdikan diri
pada dunia pendidikan, dengan mengelola 'Kursus Kesehatan Gigi dr. Moestopo', di rumah beliau di jalan Merak 8, Jakarta. Kursus ini berlangsung selama 2 jam, sejak pukul 15.00 sampai 17.00 dengan tujuan untuk meningkatkan kemampuan dan keterampilan tukang gigi di seluruh Indonesia yang jumlahnya hampir 2.000 orang, agar dapat memenuhi kriteria minimal Ilmu Kedokteran Gigi dalam hal hygiene, gizi, dan anatomi sederhana, sesuai dengan himbauan Menteri Kesehatan dalam Konggres PDGI II tahun 1952. Pada tahun 1957, dibuka sebuah kursus lagi yang dinamakan 'Kursus Tukang Gigi Intelek'. Sepulang dari Amerika Serikat pada tahun 1958, Pak Moes mendirikan 'Dental College Dr. Moestopo'. Dental college ini mendapat pengakuan resmi dari Departemen Kesehatan,bahkan mendapat penghargaan dengan kunjungan Presiden Soekarno. Pada kesempatan tersebut, Bung Karno memberikan pujian khusus kepada Dr.Moestopo, yang dianggap telah berhasil mendidik dan menelurkan tenaga kesehatan gigi yang terjangkau oleh rakyat kecil. Melihat hasil positif yang telah dicapai, pemerintah menganjurkan agar status dental college ditingkatkan menjadi 'Akademi Tinggi Gigi', sehingga pada tahun 1960 status akademi ini ditingkatkan menjadi 'Perguruan Tinggi Swasta Dental College dr. Moestopo', yang sudah bersifat akademik. Pada tahun 1961 Pak Moes memperoleh gelar Guru Besar/Profesor dari Universitas Indonesia, dan dilantik oleh Prof. Sesuai dengan Pola Pendidikan Nasional, dimana Perguruan Tinggi Swasta harus meningkatkan mutu, peranan, dan tanggung jawabnya dalam menyelenggarakan pendidikan nasional tanpa harus kehilangan ciri-ciri khas Perguruan Tinggi Swasta itu sendiri, maka Perguruan Tinggi Swasta Dental College dr. Moestopo akhirnya ditingkatkan lagi statusnya menjadi 'Fakultas Kedokteran Gigi Prof.Dr.Moestopo' pada tahun 1961. Fakultas inilah yang merupakan embrio Universitas Prof.Dr.Moestopo, yang didirikan secara resmi pada tanggal 15 Pebruari 1961. Sejalan dengan perkembangan di bidang pendidikan, pada tahun 1962 Pak Moestopo bersama ibu R.A. Soepartin Moestopo mendirikan Yayasan Universitas Prof.Dr.Moestopo berdasarkan akte Notaris R.Kadiman No. 62. Untuk mendirikan Yayasan ini, Pak Moes selaku pendiri dan ketua Yayasan yang pertama, menggunakan tanah pribadi dan bangunannya di jalan Hang Lekir I no. 8,Jakarta dan sebuah mobil Opel Capitan tahun 1962 Nopol. Di dalam perjalanannya, Akte Notaris ini telah mengalami beberapa kali perubahan. Terakhir dengan Akte Notaris Zainal Arifin SH, No. 3/ KGS, tanggal 8 April 1996. Yayasan UPDM sebagai suatu badan sosial bertujuan melaksanakan kegiatan pengabdian kepada Pemerintah RI melalui pendidikan, kesehatan, agama, riset ilmiah, bimbingan dan penyuluhan mental. Dalam perkembangannya, Universitas Prof.Dr.Moestopo pernah memiliki 6 fakultas, yaitu: Kedokteran Gigi, Kedokteran, Sosial Politik jurusan Administrasi Negara, Ekonomi jurusan Ekonomi Perusahaan, Pertanian dan Publisistik. Namun Fakultas Pertanian tidak dapat diselenggarakan karena tidak ada peminat. Demikian pula pada tahun 1971 Fakultas Kedokteran, karena tidak memiliki Teaching Hospital, terpaksa ditutup. Pada tahun 1980, Fakultas Publisistik berganti nama menjadi Fakultas Komunikasi. Dewasa ini Yayasan Universitas Prof.Dr.Moestopo mengelola 4 Fakultas dan 1 Program Pascasarjana. Pak Moestopo wafat pada tanggal 29 September 1986, namun perjuangan Ys UPDM sebagai wadah pengabdian keluarga Pak Moes kepada Negara dan bangsa harus tetap berlangsung. Untuk itu telah diwasiatkan kepada keluarga yang ditinggalkan dan keluarga besar Ys UPDM, bahwa yang menggantikan beliau sebagai Ketua adalah putra sulungnya, yaitu drg.J.M.Joesoef Moestopo. Dibidang sarana dan prasarana, sejak tahun 1976 berturut-turut dibangun gedung Berdikari, gedung Merah Putih, gedung Gotong Royong, gedung Harapan, dan gedung Perdamaian, lengkap dengan peralatan dan penyempurnaannya di Jl. Hang Lekir I/8, Jakarta Pusat. Terakhir dibangun Kampus Bintaro III di Jl. Bintaro Permai no 3, Jakarta Selatan, yang diberi nama 'Graha R.A. Soepartien Moestopo'. Pembangunan Kampus UPDM (B) akan berlanjut seiring dengan gerak napas perjuangan Kampus Merah Putih.
