Sus primeros antecedentes se remontan al Instituto Autónomo de Ciencias y Tecnologías donde se impartían estudios técnicos de Enfermería (desde 1962) y la Licenciatura en Medicina (desde 1972). En el año 1973 y coincidiendo con la etapa de transición hacia la Universidad Autónoma de Aguascalientes se creó la Licenciatura en Estomatología. En el año 1974 nace como tal, el Centro Biomédico adoptando
la organización Departamental y en 1975 al incorporarse el Hospital Miguel Hidalgo al patrimonio universitario se mantiene un estrecho contacto académico administrativo entre este y el Centro, el cual culmina con la fusión de ambos en el periodo 1977-1979. En este último año se realiza la separación de ambas estructuras y se fundan los Departamentos de Salud Pública y Optometría agregándose a sus estudios profesionales las Licenciaturas de Optometría y Salud Pública. En el año 1984 el Departamento de Medicina se divide en 3 (Medicina, Cirugía y Salud Materno Infantil, ahora Ginecología-Obstetricia y Pediatría) completando la organización académica actual. En el año de 1985 se crean los primeros planes de estudio de posgrado, iniciando las Especialidades médicas en el Hospital Hidalgo, con las de Anestesiología, Cirugía General, Gineco-obstetricia, Medicina Interna, Pediatría y Traumatología y Ortopedia, graduándose en 1987 el primer especialista médico de la UAA y del Hospital Hidalgo, correspondiendo este honor al Dr. José Luís Rodríguez de Anestesiología. En el periodo de 1993 a 1995 se crea el primer programa de maestría siendo la de Salud Ocupacional del departamento de Salud Pública y en 1998 se ofrecen tres programas más de maestría; Ciencias Médicas, Ciencias Forenses y Periodoncia. En 1997 se transforma la carrera de Enfermería a nivel de licenciatura. En 1998 nace la carrera de TSU en Imagenología, en 1999 la de TSU en Terapia Física y TSU en Terapia respiratoria e Inhaloterapia y en el año 2000 TSU en Podología; Estomatología ofrece la carrera de TSU en Prótesis Dental (2000) y el Departamento de Medicina el TSU en Nutrición (2000), aumentando considerablemente la oferta de programas. En el año 2003 la carrera de TSU en Nutrición se transforma en Licenciatura en Nutrición, y en ese mismo año la carrera de Medicina alcanza su acreditación por parte del Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica (COMAEM) por un periodo de 5 años. La acreditación de la carrera de Estomatología se lleva a cabo en el año 2004 por parte de la (CONEFEO).