La Unidad Peninsular del CIESAS es una de las más jóvenes del país, al lado de el Programa Noreste. En la actualidad cuenta con 16 investigadores adscritos y dos programas de Posgrado: Maestría en Historia y Doctorado en Historia, los cuales están reconocidos en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad del Consejo Nacional para la Ciencia y Tecnología (Conacyt). El CIESAS Peninsular forma parte del conjunto de instituciones públicas que integran el Parque Científico y Tecnológico de Yucatán (PCTY), del cual es de las instituciones fundadoras. Actualmente, es el primer Centro Público de las Áreas de Ciencias Sociales, Humanidades y Ciencias de la Conducta en establecerse en dicho Parque Científico. Las labores de investigación, docencia en Posgrado y difusión del CIESAS Peninsular mantienen desde el año 2001 un enfoque con vocación peninsular, regional, entendido éste con una proyección natural hacia la frontera México Belice, el Caribe y Centroamérica. Ha desarrollado distintos proyectos vinculados con el desarrollo de la sociedad maya (CDI, Fondo Mixto, Fordecyt), los retos del turismo sostenible, las reconfiguraciones regionales (Conacyt), el uso regional de nuevas tecnologías (IFETEL), entre otros, expresados en múltiples publicaciones, en colaboración con instituciones estatales y federales.
