El Instituto de Geología es una dependencia generadora del conocimiento que tiene como función primordial la investigación geológica y el servicio a la sociedad. En Mayo del citado año el Ing. Rubén Ortiz Díaz Infante, Director de Ciencias Químicas, presentó al entonces Rector Dr. Jesús Noyola, un proyecto para la creación de dicho instituto y en el mes de junio se formalizó la petición al H. Consejo Directivo Universitario. Eugenio Pérez Molphe, principal impulsor de este proyecto, fue nombrado Director del nuevo Instituto el día 7 de Julio del mismo año. Durante sus primeros 9 años de existencia, el instituto de Geología y Metalurgia ocupó la planta baja del Auditorio Rafael Nieto en el Edificio Central, para finalmente pasar al edificio que hasta hoy ocupa el actual Instituto de Geología en el campus universitario poniente, edificio que fuera inaugurado el día 4 de julio de 1969 y construido gracias al apoyo económico de empresas mineras, altruistas particulares e industriales así como de la Comisión de Fomento Minero. Al crearse la carrera de Ingeniero Geólogo en el año de 1961, el Instituto de Geología jugó un papel muy importante en la formación de los primeros profesionales de esta área y gran parte de sus actividades estuvieron vinculadas con la dirección de tesis profesionales, que se relacionaron con la cartografía geológica del estado en escala 1:50,000, que más tarde, desde 1976 se haría de manera sistemática en los formatos de Hojas INEGI y en parte con apoyos de CONACYT y de la Industria. En el mes de noviembre de 1962 salió a la luz pública la revista “Geología y Metalurgia”, con temas técnico-científicos de interés y que posteriormente, hacia 1977 daría lugar a la serie de boletines publicados como “Folletos Técnicos del Instituto de Geología”. Al fallecimiento del Ing. Eugenio Pérez Molphe, acaecido en el año de 1979, fue nombrado Director del Instituto de Geología y Metalurgia, el Ing. Guillermo Labarthe Hernández.
Debido a la consolidación y al crecimiento en las dos áreas de Geología y de Metalurgia, el H. Consejo Directivo decidió en 1984 la separación de estas, como dos nuevos institutos, acción que se concretó hasta 1987, habiéndose compartido algunos espacios entre los dos institutos aún hacia 1994, año en que fueron concluidos en su totalidad los espacios para el nuevo Instituto de Metalurgia y el Instituto de Geología pudo ocupar algunos de los espacios recién desocupados, ya que parte del edificio del original Instituto de Geología y Metalurgia, le fue cedido a la Facultad de Ciencias Químicas. A diferencia de sus primeros días, en que la principal actividad era la docencia, poco antes y después de la separación de los dos nuevos institutos, la principal actividad del Instituto de Geología era la aplicación del conocimiento y sus funciones se asemejaban más a las de un servicio geológico estatal, produciendo información cartográfica y brindando asesorías. En Enero de 2001, tras la jubilación del Ing. Guillermo Labarthe, quien tras la separación de los dos institutos continuaba al frente del Instituto de Geología, fué nombrado como Director el Dr. José Rafael Barboza Gudiño. En Agosto de 2005 fueron concluidos los trabajos de remodelación y ampliación del edificio que alberga al actual Instituto de Geología y que es parte del original edificio construido en 1969. Finalmente en el pasado mes de Abril de 2014 se han inaugurado nuevos espacios en el tercer nivel, mismos que habrán de sumarse a la infraestructuras existente para albergar tres nuevos laboratorios. Al tiempo de la separación de los institutos de Geología y Metalurgia, el personal del Instituto de Geología quedó reducido a seis investigadores de tiempo completo. En los años siguientes se incorporaron poco a poco unos mas y finalmente bajo el esquema PROMEP se incorporaron cuatro profesores adscritos a la DES de Ingeniería y asignados de tiempo parcial al Instituto de Geología, con lo que en la actualidad se cuenta con seis profesores-investigadores de tiempo completo del Instituto y cuatro profesores con plazas PROMEP, contándose entre este personal, con ocho investigadores reconocidos por el, Sistema Nacional de Investigadores (SNI), dos de ellos con Nivel II y seis con nivel I, mismos que cuentan a la vez con el reconocimiento del perfil deseable PROMEP y conforman conjuntamente con personal de la Facultad de Ingeniería, los cuerpos académicos "Geodinámica y Evolución de la Corteza" (consolidado) y "Modelado de Geomateriales y Geosistemas para la evaluación de Peligros Geológicos y de los Recursos Naturales" (en consolidación). Un paso importante fue la creación en Agosto de 2002, del posgrado en Geología Aplicada, adscrito a la DES Ingeniería, con sede en el Instituto de Geología, que ofrece en la actualidad el grado de maestría y es reconocido dentro del PNPC de CONACyT.
