Phi Delta Epsilon fue fundada en Octubre de 1904 por Aaron Brown y 8 de sus amigos en Cornell University Medical College. Durante la primera década de este siglo muchas puertas se cerraron a los estudiantes de medicina que eran judíos, puertas que no fueron abiertas hasta la Segunda Guerra mundial, mientras tanto, en E.U.A. había admisión limitada a estudiantes judíos tanto a la Carrera de medicin
a como a fraternidades médicas. Así que Aaron Brown y sus amigos decidieron empezar su propia fraternidad guiada por los conceptos de filantropía, deidad, educación y equidad. El capítulo de Cornell tuvo tanto éxito que se unió en 1908 con otra fraternidad médica llamada Alpha Phi Sigma cuyos ideales y principios eran parecidos a los de PhiDE. En los años 60’s la fraternidad abrió sus puertas a mujeres y promovió el reclutamiento de estudiantes de medicina de todas las razas, nacionalidades y creencias religiosas, en los últimos 25 años la fraternidad se ha diversificado promoviendo la profesión médica internacional hoy en día. En el año 2007 se fundó, en la Universidad de Monterrey, el capítulo Epsilon Alpha de la Fraternidad Internacional de medicina Phi Delta Epsilon, que tiene como visión posicionar a la fraternidad entre las principales entidades comprometidas con la formación y el desarrollo de médicos que promuevan la salud, la educación y el servicio a la comunidad.